Constituye el conjunto románico más importante que existe en España, siendo síntesis de estilos desde el románico hasta el barroco. Impulsada por Fernando y Sancha, fue sede de una importante escuela de marfiles, azabaches y orfebres.

Antecedentes 

Templo del siglo IX dedicado a San Juan Bautista, que sustituye a un templo romano dedicado a Mercurio. Con motivo del traslado desde Córdoba de los restos del niño mártir San Pelayo, se cambió la advocación del templo. Fue destruido por Almanzor y reconstruido más tarde en ladrillo y materiales pobres por Alfonso, “el de los Buenos Fueros”, siendo en tiempo de Fernando y Sancha (siglo XI), cuando se hace la nueva obra por manos de Petrus Deustamben.

Fachada 

Portada Principal: la Puerta del Cordero, de estilo románico, abocinada con tres columnas y tres roscas de arco. El tímpano presenta la Ascensión por dos ángeles del Cordero sujetando en una pata la cruz. Presenta como características la ley de adaptación al marco. También se representa la escena del Sacrificio de Isaac, siendo el primer tímpano que contiene varias escenas. En el intradós se presentan motivos geométricos, estando bordeado el arco con taqueado jaqués. A la derecha, imagen de San Pelayo, procedente del templo anterior. A la izquierda, San Isidoro de Sevilla, Doctor de España. Escenas del Rey David y los Músicos.

Peineta: de estilo barroco (s. XVIII), obra de los Valladolid. Presenta el Escudo Real de España y una estatua ecuestre de San Isidro, vencedor del Real de Baeza.

Puerta del Perdón: situada en el hastial del crucero sur, es obra del maestro Esteban, que trabajaría en la Catedral de Santiago de Compostela. El tímpano presenta tres relieves: Descendimiento, Tres Marías ante el sepulcro y la Ascensión.

Portada de los Quiñones: visible desde el interior, es obra del Maestro de las Serpientes. Caracterizada por columnas de mármol con capiteles y tímpano con taqueado jaqués.

Interior 

Tres naves con diferentes alturas, siendo la central más elevada y cubierta con bóveda de cañón y las laterales con bóveda de arista.

Crucero: arcos polilobulados de influencia musulmana, con ábsides laterales rematados por bóveda de horno.

Capilla Central: de estilo hispano-flamenco, obra de Juan de Badajoz el Viejo, rematada con bóveda de estrella, a los píes Coro del siglo XV. En total existen unos doscientos capiteles de larga y dispar temática: burlesco, vegetal, bíblico, anecdótico.

Capilla mayor: Presenta un retablo compuesto por veinticuatro tablas renacentistas, obra del Maestro Pozuelo, Custodia, de García Crespo y Urna de San Isidoro, obra de Rebollo.