Aunque fundado en 1596, hubo de esperar siglo y medio para que comenzara su construcción, bajo el reinado de Carlos III (1756). En 1776 fue casa de estudios de gramática y recién en 1799 comenzó a funcionar como seminario.
De traza herreriana, tiene 75 metros de fachada, tres claustros y una capilla de estilo neoclásico, que se amplió con un pequeño patio en el que participó Antonio Gaudí. A finales del siglo XIX el seminario mayor de León estaba conformado por construcciones de diferentes épocas y estilos que precarizaban la labor seminarista del Obispado.
Por ello y promovido por el obispo Gómez Salazar se decidió construir un nuevo edificio que reuniese las condiciones necesarias de Seminario Mayor de la Diócesis de León.
Las obras comenzaron en 1896 bajo la dirección de Juan Bautista Lázaro.
La capilla tiene en las pechinas de la cúpula pinturas de los Evangelistas. En la escalera principal hay un gran cuadro de Agustí Esteve, que representa la imposición de becas en el día de la inauguración por el obispo de los seminaristas.