El monasterio fue fundado en el siglo X por el Conde González Bermúdez, favorito de Ramiro III de León, bajo el nombre de San Miguel de Almázcara y bajo la regla de monjes benedictinos.
En el siglo XI quedó bajo control del Infantado, siendo Doña Sancha la que restauraría el cenobio, instalando en las Dueñas una comunidad de monjas sujeta al monasterio de Santa María de Carracedo.
Posteriormente, la abadía carracetense adoptó la regla del Císter, y por consecuencia, hizo lo mismo San Miguel de las Dueñas. El monasterio ejerció el señorío jurisdiccional y territorial dentro de un coto monástico definido por la infanta doña Sancha. En torno al monasterio también se fue conformando un núcleo de población campesina que reforzó su patrimonio.
A nivel arquitectónico, la serie de reformas acometidas entre los siglos XVI al XVIII lo convierten en uno de los monasterios más importante del Bierzo, con un sobrio estilo barroco.
El monasterio fue remodelado en el siglo XVIII, sobresaliendo la portada románica que da acceso al Capítulo, la iglesia del siglo XVII con el retablo mayor barroco y el célebre relicario del coro, la Virgen de la Majestad del siglo XVII y sus claustros.
El aspecto del monasterio es serio, arquitectónicamente, con predominio de la horizontalidad y una perfecta sintonía con el paisaje.
