El monasterio alcanzó su máximo esplendor en el reinado de Alfonso VI y fue en este momento cuando llegaron al mismo los monjes cluniacenses.
Solamente quedan en pie tres partes del mismo:
- La Capilla de San Mancio, de una sola nave de tres tramos, aunque uno de ellos destruido, y cubierta con bóveda de crucería. La capilla es objeto de confusión al ser identificada por algunos con la primitiva capilla edificada en época de Alfonso III, todo ello se debe a un problema en los cambios de advocación, puesto que originalmente esta se dedicó a San Benito tal como reza la inscripción que indica la consagración del altar en 1.184.
- La Torre, sobre un lado de la cabecera del Monasterio (antes de su destrucción existía otra torre gemela cuyos restos aún podemos observar a la izquierda de la existente) donde se instaló el reloj de la Villa y que gracias a ello se salvó de la destrucción, del 13 de mayo de 1835, pocos días antes de ser inaugurada después de la última restauración.
- El Arco de San Benito, la portada meridional de la Iglesia.
Por otro lado los restos escultóricos hallados en Sahagún son importantes hitos en la escultura románica nacional. La lápida sepulcral de Alfonso Ansúrez, la Virgen del tipo Kiryotisa más conocida como «Virgen de Madrid», el capitel conocido como el de los Ocho Apóstoles, el Cristo sedente al más puro estilo «Pantocrátor», el taqueado de Jaca (en forma de casillas de ajedrez) y otras muchas obras (algunas góticas) caracterizan al monasterio como uno de los centros peninsulares más importantes del arte románico.