Declarado Bien de Interés Cultural (BIC) desde 1929.
Fue fundado en 990 por Bermudo II El Gotoso como monasterio benedictino de San Salvador de Carracedo para dar refugio a los monjes que huían del asedio del caudillo musulmán Almanzor.
De sus restos originales no queda ningún vestigio, de tal forma que el edificio que se conserva en la actualidad es fruto de la restauración que en el siglo XII llevó a cabo Doña Sancha.
En el año 1203 se cambió la advocación de San Salvador por la de Santa María y se incorporó al Císter, teniendo un gran poder económico, religioso y político, además de jurisdicción sobre monasterios bercianos, gallegos, asturianos y leoneses.
La invasión napoleónica y las desamortizaciones eclesiásticas contribuyeron a su abandono y deterioro, hasta que fue restaurado en 1988.
Fruto de la sucesión de Siglos, acumula en su estructura un interesante conglomerado de estilos: románico de transición en la primitiva iglesia, construida en 1138; gótico en el Mirador de la Reina; renacentista en el claustro, refectorio y sacristía; y barroco y neoclásico en la iglesia inconclusa.
El templo es de una sola nave y alberga los restos del panteón de la familia García Rodríguez, así como una inscripción en su puerta donde se explica cómo el 29 de agosto de 1810 fueron elegidos en el monasterio los primeros representantes de los leoneses en las Cortes de Cádiz.
La parte del monasterio correspondiente al Palacio de la Reina, en el que vivió largas temporadas la infanta Sancha Raimúndez, está compuesto por tres salas del siglo XIII, un oratorio, la cocina de la reina y el mirador, un hermoso pórtico con tres arcos desde el que se sale a la huerta.
El monasterio también contaba con hospedería, hospital y cárcel.