Museo que recoge impresionantes obras de arte religioso y pictórico de incalculable valor. Entre éstas se encuentra la escultura gótica de Ordoño II y un códice antifonario mozárabe del siglo XI. De obligada visita.
Fue inaugurado el año 1981 y es el resultado de la fusión del antiguo museo catedralicio con el diocesano. Este último había sido creado por el obispo Almarcha en el año 1945, aunque el mayor incremento de sus fondos se realizó a partir de la década de los sesenta.
En la actualidad constituye un conjunto único en su género, albergando piezas de todas las etapas de la historia del arte, desde la prehistoria hasta el siglo XX, todas ellas repartidas en diecisiete salas, en el entorno del claustro catedralicio.
Se accede a él por una hermosa puerta de nogal que, según el profesor Merino Rubio, había sido hecha para la librería por Juan de Quirós, antes del año 1513; en su tímpano se narra la escena de la Anunciación, plenamente flamenca, sobre un espacio con arquerías góticas.
En la primera estancia se nos muestra la escalera plateresca de Juan de Badajoz El Mozo, que facilitaba la subida a la sala capitular. Nada tiene que envidiar a la construida por Covarrubias en el Palacio de Santa Cruz de Toledo. Es imposible sacar tanto rendimiento a tan pequeño espacio con una obra tan perfecta. El soporte de sus tres cuerpos está profusamente decorado con labores menudas de bueráneos, “candelieri”, medallones y otros temas del mejor Renacimiento. Se buscó como pretexto para colocar el escudo del obispo mecenas, Pedro Manuel, la pequeña tribuna que resalta sobre la balaustrada.