La tradición dice que el primer convento, ubicado en el antiguo hospital, fue fundado en 1213 por el propio San Francisco de Asís en su peregrinación a Santiago de Compostela bajo el auspicio de la reina doña Urraca. En 1285 se trasladó a su ubicación actual. Pedro Álvarez de Toledo, marqués de Villafranca, mandó instalar allí los sepulcros de su familia. Durante la regencia de María Cristina el edifico fue un cuartel.
Un incendio en 1968 dejó en pie solo la iglesia, aunque del edificio original, del siglo XIII, sólo se conserva el hastial oeste; el resto pertenece al siglo XV, incluyendo el artesonado policromado mudéjar con motivos góticos y escudos de armas de los Condes de Lemos.
Mezcla los estilos, románico tardío en la portada de acceso, gótico en la cabecera, y barroco en un segundo cuerpo de la fachada y las torres del campanario, el monumento en su interior alberga el gran retablo mayor de estilo churrigueresco del XVII, entre otras tallas de renombre.
De singular importancia son los enterramientos o la arquitectura funeraria como la Capilla de Ambrosio de Castro donde se puede admirar una bóveda con arcos conopiales del siglo XVI.
Cuenta también la Iglesia con un bello coro Plateresco que refleja la austeridad de la orden Franciscana.
Del siglo XVI son también la magnífica talla de la Virgen de la Expectación, «Virgen de la O«, y el relieve de la Piedad, cuyo patetismo llama la atención de quien lo contempla.
